Součástí projektu je rozsáhlý průzkum fondů ve všech třech zúčastněných knihovnách, který navazuje na průzkum novodobých fondů v rámci institucionálního výzkumu Národní knihovny probíhající od konce roku 2010. V roce 2012 bylo v rámci Virtuální depozitní knihovny zpracováno téměř 7 tisíc knih. Průzkum fondů je náročný na čas a především na materiální zázemí, v rámci finančního rozpočtu projektu tak byly pořízeny pH metry, digitální fotoaparáty a další nástroje k vytvoření plně vybavených pracovišť.

Vzhledem k potřebě jednotného vyhodnocení získaných údajů probíhá průzkum fondů v rámci aplikace na základě stanovených kritérií a přesně definované terminologie. Jsou získávány informace o konkrétních typech fondu (monografie, hudebniny, periodika), typech vazby, papíru, tisku, zachycují se různé druhy poškození titulu na všech jeho částech (desky, vazba, přílohy), rozlišuje se poškození chemické, mechanické a biologické, měří se vybrané parametry (např. hodnota pH) a konkretizuje se případná neúplnost exempláře. Do aplikace je vložena i obrazová dokumentace stavu daného titulu. Z podrobného zaznamenání fyzického stavu knih bude možné vyhodnocení typů poškození, diagnostika příčin i návrhy možných řešení – restaurátorských zásahů, uložení v ochranných obalech z archivní lepenky, odkyselování, případně reformátování. Výsledky této činnosti tak přinesou další důležité poznatky k uchování konzervačních sbírek.

Metodiku, jak postupovat při průzkumu fyzického stavu novodobých dokumentů, podrobně popisuje dokument: Metodika pro průzkum fyzického stavu novodobých knihovních fondů